Le Monte Sant’Angelo est connu dans le monde entier pour son histoire religieuse, devenant une destination obligatoire pour les pèlerinages de l'Archange Michel. Saints, empereurs, papes, rois ou simples fidèles sont venus ici s'agenouiller devant l'autel de l'Archange Michel.
Le centre habité est le plus haut du Gargano (843 m) et est situé dans une admirable position panoramique sur un éperon au sud du promontoire, avec une vue imprenable ouverte à l'ouest sur la Tavoliere et au sud sur le golfe de Manfredonia. Siège du Parc National du Gargano et site du patrimoine mondial de l'UNESCO, la vie de la ville se concentre autour du sanctuaire de Saint Michel Archange, construit entre le V-VI siècle lorsque, selon la tradition, les apparitions de l'archange se seraient produites dans une caverne. Les Longobards, qui dominaient le sud de l'Italie à cette époque, en ont fait leur sanctuaire national. En peu de temps, il est devenu un centre renommé dans tout le christianisme et une destination obligatoire, non seulement pour les pèlerins de toute l'Europe, mais aussi pour les croisés partant pour Jérusalem. La zone bâtie a une forme allongée autour de l'axe formé par via Manfredi; cela se reconnecte du côté ouest de la ville à la route nationale en direction de San Giovanni Rotondo et du côté est à une branche de la route nationale Garganica.
L'origine du Sanctuaire de Saint Michel peut être placée entre la fin du 5ème et le début du 6ème siècle. Des sources écrites anciennes en témoignent: une lettre envoyée par le pape Gelasius I en 493/494 à Giusto, évêque de Larino, une autre lettre du pape lui-même à Herculentius, évêque de Potenza (492-496) et une autre note rapportée par le Martyrologe Géronimian sous la date du 29 septembre.>Mais c'est le Liber de apparitione santi Michaelis de Monte Gargano, dont l'écriture remonte au VIIIe siècle, qui reconstitue de manière précise et suggestive les faits miraculeux qui ont donné naissance au culte de l'archange Michel sur le Gargano. Il est lié à la mémoire de quatre apparitions qui se sont déroulées au cours des siècles, qui sont racontées avec une vivacité extraordinaire et émotionnelle et témoignent des événements miraculeux qui se sont produits ici.
En passant par le portail roman, on se retrouve à l'intérieur de la basilique, à l'endroit choisi par saint Michel. L'église est bien divisée en deux parties: la partie à l'entrée construite en brique, appelée la Navata Angioina et l'autre une caverne ouverte par la nature elle-même dans la roche calcaire. À l’entrée, à droite, il y a un petit autel, érigé en l’honneur de S. François pour se souvenir de sa visite au Sanctuaire, effectuée le lointain 1216. Après avoir passé l'autel de S. François à quelques pas de là,un spectacle unique en son genre s’ouvre devant le visiteur: la grotte, à la voûte rocheuse irrégulière, qui a accueilli au fil des siècles des millions de pèlerins.
La partie la plus frappante des anciens bâtiments du sanctuaire sont les cryptes. Ces salles remontent à l'époque lombarde et ont retrouvé le jour suite aux fouilles des années 1949-1960. Autrefois elles servaient d'entrée à la grotte et furent définitivement abandonnées au XIIIe siècle, à l'époque des constructions angevines. De nombreuses inscriptions le long des murs des "cryptes", certaines avec des caractères runiques, témoignent de l'afflux considérable de pèlerins de toute l'Europe depuis l'ère longobarde. Les cryptes sont composées de deux pièces dont les structures sont construites en deux phases se succédant immédiatement. Quelques inscriptions murales identifiées en 1974 ont permis de dater les bâtiments entre la fin du VIIe et le début du VIIIe siècle.
Les cryptes, d'environ 60 mètres de long, se développent juste sous le sol de la basilique. La première partie a la forme d'une galerie à portiques, divisée en huit baies rectangulaires. Dans ce cadre évocateur, plusieurs sculptures des fouilles du sanctuaire, de l'ancienne église de S. Pierre et des ruines de l'abbaye bénédictine de S. Marie de Pulsano ont été exposées. Toutes les expositions ici sont datables du VIIe siècle au XVe siècle. En passant par l'ouverture creusée dans le mur de soutènement, on se retrouve dans l'autre environnement de l'époque longobarde (avec des traces évidentes de constructions pré-longobardes) divisé en deux grandes nefs. Ces salles ont été définitivement séparées de la Sacra Grotta autour des années 1270-1275, lorsque les Angevins, avec les nouveaux bâtiments, ont donné au Sanctuaire sa disposition actuelle, sacrifiant les travaux antérieurs érigés en l'honneur de Saint Michel Archange.
En novembre 1989, le musée de la dévotion a été ouvert dans les salles adjacentes à un local d’objets de la mémoire. Le but du musée est de recueillir et de montrer aux visiteurs les différents objets qui témoignent du culte de Saint Michel Archange. La plupart d'entre eux sont des cadeaux offerts au sanctuaire par des pèlerins tout au long de son histoire laïque, en signe de gratitude pour les grâces reçues. Les objets sont exposés dans le couloir et dans quatre salles qui composent les espaces du musée.
