Situato sull'ultimo lembo della Murgia sud-orientale pugliese (394 m sul livello del mare), si affaccia a sud-ovest sulla valle d'Itria tempestata di trulli.Il nome deriverebbe da "Cis-Sturninum", al di qua di Sturni, antico centro japigio nei pressi di Ostuni che aveva preso la denominazione da Sturno, compagno dell'eroe omerico Diomede, scampato alla guerra di Troia. Le prime notizie storiche (1107) su Cisternino si hanno dalla donazione della Contessa Sichelgaita, vedova del conte Goffridus, «dona alla Chiesa e al monastero di S. Maria Antica di Brindisi, per l’anima del suo marito e del figlio, nonché per la salute sua e dell’altro figlio Tanchredus», i villaggi di Tuturano e Valerano e altre proprietà, fra cui la «lama di Cisternino». La notizia, in un documento antico, della presenza di Cisternino in età medievale, anche se qui si parla soltanto di lama ma il fatto che avesse un nome, fa supporre che vi fosse un insediamento umano o, più verosimilmente, un casale.
La prima testimonianza archeologica sul Casale di Cisternino è data dalla scoperta, al di sotto della chiesa romanica di S. Nicola, dei resti di un piccolo tempio cristiano, edificato realisticamente intorno all'anno 1000. Papa Alessandro III, con una bolla pontificia del 26 febbraio 1180 assegnò questa chiesa ed il Casale di Cisternino al Vescovo di Monopoli.Sui resti dell’antica chiesa di S. Nicola di Pàtara fu costruita nel XIV sec. l’attuale Chiesa Madre. La torre, sulla cui sommità svetta la statua di San Nicola, costituisce l’ingresso principale a Cisternino. Svettante sul Colle delle Forche, secondo un’antica tradizione, la torre risalirebbe all’età romana, costruita dall’imperatore Claudio nel 44 d.C., ma in realtà il suo nucleo originale risale all’epoca Normanna e più esattamente alla fine dell’anno 1000 o ai primi anni del 1100. La sua prima struttura aveva la stessa altezza dell’attuale (circa 18 m.) ma era più stretta.
L’antica torre fu quasi completamente distrutta sul finire del 1300 e ristrutturata e ampliata nel 1400, quando intorno alla vecchia torre fu addossato un nuovo e possente muro. Al suo interno erano presenti solai in legno di cui si conservano le buche dove venivano inserite le travi. Da un piano all’altro si passava per mezzo di scale e botole lignee.